南科考古館為臺灣首座位於科學園區中之考古專業博物館，作為參觀南科館展示內容的第一站，呈現的是南科地區自新石器時代以來5,000年歷史淵源以及南科遺址群在臺灣考古研究中的重要性與獨特性。

展廳中依照時間序列展出兩百多件南科地區6大考古文化11個子期相的代表性珍貴古物，如薄如紙張的貝刀、光可鑑人的巴圖形石斧、模樣質樸有趣的人面陶偶、雕工精緻的鹿角刀柄與骨骰等。

搭配展廳入口的大型投影動畫以及各文化的生活場景模型，讓史前文化不再只是書本與媒體上的文句，而是可近距離觀看、感受的對象。

此外，每一次的遺址搶救發掘都涉及南科地區的地貌變化，也是許多機關與工作人員費盡心力、揮汗如雨的成果，這20餘年來數十次的考古工作過程縮影亦將於展廳一隅呈現。