博物館基地位於石頭埔遺址上方，石頭埔為新市區東側的舊地名，「相遇石頭埔」是博物館「時空隧道」手扶梯的開端；可看到一位史前人正從地底探坑向著階梯往上走出；另一位象徵先進、未來的科學家，正從階梯的另一端邁步向下。用兩人的“差異”呈現時間的凍結與停止，象徵古今融合之場域，試圖營造人類在時空歷史的交會點，相對呼應博物館設立精神。